Schuld an der Nachzahlung trägt das komplizierte deutsche Steuerrecht. Für die ausgefallene Arbeitszeit überweist die Bundesagentur für Arbeit jedem Kurzarbeiter 60 beziehungsweise 67 Prozent des entgangenen Nettolohns. Steuern, die auf den verbliebenen Lohnanteil der Beschäftigten anfallen, führt der Arbeitgeber in jedem Monat direkt an das Finanzamt ab. Dabei wird das Kurzarbeitergeld zunächst ignoriert. Gibt der Beschäftigte am Jahresende aber seine Steuererklärung ab, überprüft das Finanzamt rückwirkend auch andere Einkünfte. Ermitteln die Finanzbeamten den Einkommensteuersatz, der tatsächlich auf das verbliebene Einkommen angewendet wird, addieren sie zum Lohn auch das Kurzarbeitergeld. So kommt es, dass der individuelle Steuersatz steigt (Progressionsvorbehalt) – auch wenn das Kurzarbeitergeld selbst nicht besteuert wird.
Je höher das Einkommen, desto höher auch die Nachzahlung. Ein verheirateter Arbeitnehmer mit zwei Kindern und einem regulären Brutto-Lohn von 30.000 Euro (ohne Kurzarbeit), der nur noch 50 Prozent seiner Arbeitszeit leistet, müsste rund 200 Euro an Steuern nachzahlen. Bei einem regulären Bruttolohn von 60.000 Euro und nur halber Arbeitszeit beträgt die Nachzahlung bereits rund 1300 Euro, wie Steuerexperten des Software-Dienstleisters Datev für die WirtschaftsWoche errechnet haben.